Phylogenetic relationships in the North African genus <Emphasis Type="Italic">Hedysarum</Emphasis> as inferred from ITS sequences of nuclear ribosomal DNA

Sequences of the internal transcribed spacers (ITS) of nuclear ribosomal DNA were analysed to precise their length (637–643 bp) and resolve phylogenetic relationships among eight Mediterranean species of the genus Hedysarum (Fabaceae). The infra-specific variability levels of the ITS sequences of spontaneous population of H. coronarium proved a lack of polymorphism both in the length and in the sequences examined in this species. Hence, a consensus ITS sequence characterising each Hedysarum species has been investigated for analysis of inter-specific polymorphisms. The level of variation of ITS sequence was high enough to make the ITS1 and ITS2 a useful tool for phylogenetic reconstruction. However, ITS2 seems to be relatively more polymorphic and more informative than ITS1 regarding length or GC percent. The phylogenic relationships in the genus Hedysarum based on ITS1 and ITS2 sequences taken independently or together, are discussed in the context of current work in molecular biosystematics. Results exhibited the distinctiveness of the two H. spinosissimum subspecies (i.e. H. spinosissimum ssp. capitatum and H. spinosissimum ssp. spinosissimum). In addition, the great similarity of the ITS sequences between H. coronarium (the only cultivated species of the genus) and H. carnosum suggests the usefulness of the latter in selection programmes to improve pastoral production in semi-arid areas.     

胨冻样芽孢杆菌(Bacillus mucilaginosus YNUCC0001)絮凝剂生产、絮凝特性及其系统发育学分析

对BacillusmucilaginosusYNUCC000116SrDNA的1481bp片段与GenBank中最相似的16个分类单位进行了比较。UPGMA,NJ,ME和MP方法构建的系统发育树显示B.mucilaginosusYNUCC0001与B.mucilaginosusHSCC1605T、B.mucilaginosus1480D及Paenibacillussp.NBT形成一个单系群分支。在50L全自动发酵罐中30℃发酵52h后,菌株YNUCC0001产生的胞外生物多聚絮凝剂(EBF)达到最大产率(粘度:3420C.P.)。在pH4.0、用量为0.25mlL-1的条件下,这种EBF对高岭土悬浊液的絮凝活性最大(99.8%);121℃高压灭菌60min后絮凝活性维持在98.6%。Hg2+,Ca2+,Mg2+,K+,Zn2+对其絮凝活性有促进作用,而Fe3+、Al3+、EDTA和Cu2+则有强烈抑制。     

猪源隐孢子虫卵囊的分离及基因型鉴定

应用RT-PCR方法对南京、上海和合肥猪源隐孢子虫卵囊SSU rRNA部分序列进行扩增,产物测序后提交GenBank,收录号为DQ855266、DQ855267;用BLAST和DNAStar软件与GenBank参考序列进行比较,分析其同源性,绘制系统发育进化树,结合卵囊形态学观察和对小鼠、大鼠、兔、山羊和鸡的传染性试验确定隐孢子虫种类或基因型。结果表明,3地区猪源隐孢子虫分离株与微小隐孢子虫(C.parvum)同源性达94%~100%,与C.parvummouse型有99.8%~100%的同源性,并处于进化树的同一分支。因此,3地区猪源隐孢子虫是C.parvummouse型,提示猪和鼠之间存在交叉传播的可能。     

辽宁省辣椒土传病害镰刀菌鉴定及rDNA-ITS序列分析

［目的］ 对分离的辣椒镰刀菌形态、基因序列进行研究,以确定病原菌的种类及这些菌的同源性,为进一步开展该病害诊断和防治研究奠定基础。［方法］ 对采自辽宁省各地辣椒土传病害的16株病菌进行形态观察及rDNA-ITS序列分析。［结果］ 引起辽宁省辣椒土传病害的主要镰刀菌有尖镰孢、茄镰孢、锐顶镰孢和串珠镰孢等4种,根据菌株分生孢子形态和rDNA ITS序列同源性,将ZW13、LY3、PJLJ、HC5、CY2、CY5、TLLJ、LY5、LY1菌株聚类为尖镰孢;FSLJ2和FSLJ3菌株聚类为茄镰孢;ZW和ZW18菌株聚类为锐顶镰孢;KPLJ、LZLJ、FSLJ1菌株聚类为串珠镰孢。［结论］ 从分子系统树和菌株间的遗传距离看出镰刀菌同种同源性都很高,不同种之间同源性相对较低,种间遗传差异较大。     

固氮、解磷复合菌剂对小麦根际土壤细菌群落的影响

为研究固氮芽孢杆菌、固氮巨大芽孢杆菌、解磷假单胞菌、巴西固氮螺菌组成的复合菌剂对小麦根际土壤细菌群落多样性的影响,通过构建16SrRNA克隆文库及采用核糖体DNA扩增片段酶切分析(ARDRA)的方法,以文库库容值(C)、Rarefaction曲线(R)对克隆文库进行评价。系统发育分析表明,对照及菌剂处理样品均检测到酸杆菌门、变形菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、放线菌门和芽单胞菌门8个细菌类群,并且优势菌群均为变形菌门和酸杆菌门。接种菌剂后小麦根际土壤检出了绿弯菌门、蓝藻门、产水菌门和硝化螺旋菌门,而梭杆菌门未被检出。假单胞菌属由1.59%增加至21.28%。芽孢杆菌属由未检出增至3.05%。两样品中均未检出固氮螺菌属。多样性分析表明,接种菌剂后,小麦根际土壤细菌多样性指数和丰富度指数均提高。因此,接种菌剂对小麦根际土壤细菌类群的组成及所占比例有较大影响。     

10株白僵菌菌株形态学与分子鉴定

对10株白僵菌属菌株的菌落形态、产孢结构和分生孢子形状、大小作了观察与测量,形态学鉴定为球孢白僵菌。同时对此10株球孢白僵菌核糖体DNA-ITS进行了测序分析,与NCBI数据库中的球孢白僵菌(Beauveria bassiana)多个菌株的同源性达99.10%～99.64%。依此,10株白僵菌菌株分子鉴定结果为球孢白僵菌(Beauveria bassiana)。     

基于ITS分析云南光叶桑和钦州长果桑在桑属中的亲缘关系及分化时间

云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+C含量为59.90%,碱基序列45位A变G,560位T变G,与昆明奶桑(Morus macroura)、荥经川桑(Morus notabilis)、云南毛叶奶桑(Morus macroura var.mawa)、云南长穗桑(Morus wittiorum)、云南奶桑(Morus macroura)、雅安华桑(Morus cathayana)同在第Ⅰ类群,有较近的亲缘关系;钦州长果桑的G+C含量为59.72%,碱基序列45位为A,560位T变G,与云南华桑(Morus cathayana)同在第Ⅱ类群,有较近的亲缘关系。应用松散分子钟方法估算云南光叶桑与荥经川桑、雅安华桑、云南长穗桑的分化时间为8.23 Ma,钦州长果桑与云南华桑的分化时间为9.67 Ma,二者起源的地质年代是新第三纪中新世与上新世之交,是为了抵御地球寒冷、旱化,向南、向山地迁移形成的物种。     

感染高原鼠兔的皮蝇蛆16SrRNA基因序列研究

利用分子生物学技术对高原鼠兔感染皮蝇蛆16SrRNA基因进行了研究,扩增出长度为551 bp的序列,克隆测序,将其序列与GenBank中的皮蝇科、胃蝇科的序列进行了聚类分析,并构建分子进化树.结果显示,感染高原鼠兔的皮蝇蛆与皮蝇科的皮蝇蛆遗传距离更近,在一个大的进化树分支上,基因片段同源性84.6％～88.4％之间,与胃蝇科的红尾胃蝇基因片段同源性60.1％ ～64.4％之间.几株感染高原鼠兔的皮蝇蛆之间的基因片段同源性94.4％～99.6％之间.     

紫芝栽培新品种武芝2号基于rDNA-ITS和ITS2的分子鉴定与分析

[目的]探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定.[方法]通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分类鉴定,采用rDNA-ITS及相关引物序列进行BLAST比对分析...